Le Cloître des Hôtes dévolu à Marguerite d’Autriche et sa suite, celui des moines plus rustique avec son sol en calades à l’image des fermes bressanes, et le Cloître dévolu aux commis, à l’étage, plus modeste et arboré.

On retrouve ainsi les trois ordres de l’ancien régime : Noblesse, Clergé, Tiers-État.

Classé comme bien national sous la Révolution, il échappe miraculeusement à la destruction.